O INEA surge com a missão de proteger, conservar e recuperar o patrimônio ambiental do Estado do Rio de Janeiro para promover a agenda do desenvolvimento sustentável, sendo um órgão gestor ambiental de referência, exercendo um papel estratégico no desenvolvimento do Estado.
O INEA intensificou a sua atuação descentralizada através de nove Superintendências Regionais correspondentes às regiões hidrográficas do Estado, integrando assim a gestão ambiental e a de recursos hídricos. As Superintendências regionais tem autonomia, inclusive, para expedir licenças ambientais para atividades de pequeno e médio potencial poluidor.
